Kodokan er judoens hellige gral - i alle fall har den inntil nå vært det for mange judoka verden over. De fleste judoka ønsker å besøke Kodokan minst en gang i løpet av livet.

Kodokan judo hadde sin spede begynnelse i Eishoji-tempelet i 1882. I februar dette året tok Jigoro Kano med seg ni av sine studenter fra Kito Ryu til Eishoji. De første årene trente man egentlig ikke judo i tempelet. Kampformen lignet sannsynligvis mye mer på jujutsu.

Det var ikke før i 1884 at retningslinjene til Kodokan ble nedtegnet og vedtatt. Overgangen fra jujutsu foregikk sakte, men sikkert. Derfor er det vanskelig å bestemme en eksakt dato for når judo ble grunnlagt. Det er i alle fall sikkert at de første judotreningene fant sted i Eishoji tempelet.

Judotreningen foregikk i et rom inntil hovedsalen i tempelet. Den øverste presten het Choshumpo og han var ikke særlig begeistret for Kanos trening, men til tross for prestens protester fortsatte treningene på Eishoji. Til slutt mistet Choshumpo tålmodigheten. Kano var en diplomatisk person og han godtok å flytte treningen til nabobygningen. Den var bare 20 m², og etter et kort tid lagde Jigoro Kano en ny dojo i sitt hjem i 1883. Her plasserte han 20 matter, og dette ble det største treningsrommet i Japan.

På denne tiden foregikk treningen på Kodokan grytidlig om morgenen. Japan Times rapporterer at utøverne startet klokken 0500 og trente til 0700. Etter trening dro mennene på jobb.

For å holde varmen på til og fra trening tullet utøverne judogien rundt hodet. Dette vakte naturligvis en viss oppsikt, og det hendte stadig vekk at judoka ble stanset av politiet som lurte på hva som skjedde. Standardsvaret var at vintertrening var bra mental og fysisk trening, og at dette reduserte sjansene for å få sykdommer som tuberkulose.